Dalam menghadapi serbuan pasukan Militer Belanda yang masih berkeinginan untuk menancapkan kembali kukunya di Indonesia, Muhammadiyah sebagai organisasi sosial kemasyarakatan sekaligus kebangsaan, telah pula tampil mendorong para pemuda dan segenap komponen bangsa untuk mempertahan kemerdekaan yang telah diraih bersama.
Secara tegas pimpinan Muhammadiyah mengeluarkan maklumat berupa Amanat Jihad Muhammadiyah yang pertama kali diterbitkan melalui surat kabar Boelan Sabit, yang terbit di Solo tertanggal 15 Juni 1946. Amanat Jihad Muhammadiyah tersebut berbunyi:
KOMANDO MOEHAMMADIJAH
Madjoe Menjerboe Berdjihad
BERSIAPLAH
Kita insjaf bahwa kinilah masanja Allah Jang Maha Bidjaksana mengoedji kita! Marilah kita tempoeh segala matjam oedjian dengan menoenaikan kewadjiban kita. Kemoedian kita serahkan diri kepada Allah apa jang akan terdjadi. Allah telah berfirman:
Jang artinja: “Katakanlah hai Moehammad! Djika kamoe hendak melindoengkan diri dari pada mati itoe tidak ada goenanja” (Ahzab: 16). “Djika kamoe terkena loeka, maka moesoehpoen terkena loeka poela” (Ali Imran: 140). “Berdjoeanglah! Baik ringan ataupoen berat! Dan berdjihadlah fi sabilillah dengan harta, djiwa kamoe sekalian. Soenggoeh jang demikian itoe baik sekali bagi kamoe sekalian djika kamoe mengerti” (Taubah: 41).
“Djika benar2 kamoe menolong ALLAH, ALLAH menolong kepada kamoe dan menegoehkan pendirian kamoe (Moehammad: 7). “Ketika engkau melemparkan panah kepada moesoeh, sebenarnja boekan kamoe jang memanah, tetapi ALLAH djoea (Anfaal: 17).
“Sesoenggoehnja jang berhak mewarisi boemi itoe, ialah hamba kami jang sholeh” (Anbiyak: 105). Mengingat firman ALLAH dan menauladan tjontoh perdjoeangan Rasoeloellah s.a.w. maka kami menjampaikan amanat penting kepada segenap kaoem Moeslimin teroetama anggauta dan keloearga Moehammadijah seloeroeh Indonesia, marilah Bismillahirrahmanirrahim, kita terdjoen kegelanggang perdjoeangan djihad fisabilillah menghadapi perdjoeangan besar2an mengoesir pendjadjah dengan menjerahkan segenap djiwa raga kita kehadapan ALLAH Jang Maha Koeasa!
Ingatlah firman ALLAH jang artinja: “Katakanlah hai Moehammad! Sekali2 bahaja tidak akan menimpa kami melainkan apa jang telah ditentoekan ALLAH bagi kami. ALLAH djoega pelindoeng kami, dan kepada ALLAH hendaklah orang2 Moekmin bertawakkal” (Taubah: 51)
Kita jang ada digaris moeka soepaja teroes madjoe menjerboe pantang moendoer! Dan bagi kita jang ada digaris belakang soepaja tahan memperbanjak toendjangan dan pertolongan, dan pantang kaboer! Kerahkan segenap tenaga, harta benda, dan kepandaian oentoek mempertahankan kekalnja kemerdekaan Negara Repoeblik Indonesia dgn semangat pemberani, djoedjoer, ichlas dan TAQWA. Moedah2-an dengan segera kita menang dan berbahagia. Negara kita kembali aman dan sentausa, kekal merdeka dan berdjasa!
Jogjakarta, 26 Djoemadil Achir 1365 – 28 Mei 1946
Wassalam Merdeka!
PENGOEROES BESAR MOEHAMMADIJAH